Juan Cruz Alli Aranguren (Pamplona, 21 de septiembre de 1942) es un abogado, político y profesor español. Fue presidente del Gobierno Foral de Navarra de 1991 a 1995 y, en funciones, entre junio y septiembre de 1996.
Doctor en Derecho y Técnico Urbanista. Fue profesor en la Facultad de Derecho de Burgos de la Universidad de Valladolid y es Profesor titular de Derecho Administrativo de la Universidad Pública de Navarra. Anteriormente ha sido letrado del Ayuntamiento de Pamplona y abogado.