D.a Juana Arista de Zúñiga fué hija de D. Diego Arista de Zúñiga y de D.a Juana de Zúñiga; nieta de D. Juan Arista de Zúñiga y de D.a Catalina de La Peña; segunda nieta de D. Juan Arista de Zúñiga y de D.a Aldonza de Panes (2); tercera nieta de D. Diego Arista de Zúñiga y de Leonor de Mendoza; cuarta nieta de D. Lope Ortiz de Zúñiga y de D.a Isabel de Landaña (3); quinta nieta de D. Iñigo López de Zúñiga y de Doña Sancha de Rojas; sexta nieta de D. Lope Ortiz de Zuñiga y de D.a Juana Cabeza de Vaca; séptima nieta de D. Juan Ortiz de Zúñiga, llamado de Las Cuevas; octava nieta de D. Iñigo Ortiz de Stúñiga y de D.a Teresa de Orozco; novena nieta de D. Diego de Stúñiga, hijo segundo de Don Lope Ortiz de Stúñiga, Señor de Mendavia y Las Cuevas, Alférez Mayor de Nabarra, y de D.a Teresa de Azagra, hija del Señor Soberano de Albarracin.
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D. Martin Manfo de Butron (poffeedor entonces de la Cafa de los Manfos de Canillas) con Doña Beatriz de Zuñiga, hija de Diego Arita de Zuñiga, Señor de la Cafa de las Cuevas, en la Prouincia de la Rioja.