Para ello casó a su hijo, el tercer Pedro de Zárate –un próspero terrateniente que ostentaba el casi honorífico grado de capitán de la compañía de arcabuceros del virrey- con la hija del conquistador Nicolás de Rivera el Viejo. Este matrimonio confirió a los Zárate un estatus particular en la sociedad virreinal. Dos de sus hijos se dedicaron a la vida religiosa: fray Gabriel de Zárate se hizo dominico a los dieciséis años y llegó a ser obispo de Huamanga, en 1636, cuando acababa de cumplir los 62 años; y Francisca fue monja de la Encarnación y, en 1640, fundó en Lima el monasterio del Prado. Otros dos hijos del matrimonio Zárate-Rivera fueron agraciados con hábitos de órdenes militares: Alonso fue calatravo y, como su bisabuelo, siguió la carrera judicial, llegando a ser oidor y alcalde del crimen de la Audiencia de Lima; Lorenzo de Zárate, por su parte, fue caballero de Alcántara y tuvo, a su vez, dos hijos: Diego, que siguió la tradición letrada de la familia y acabó sus días como fiscal de la Audiencia de Quito, y el cuarto Pedro de Zárate, capitán de arcabuceros del virrey –como su abuelo- y mayordomo de la cofradía de Aranzazu.