No queda claro en las fuentes si el rey casó o no con Zaida. En la crónica De rebus Hispaniae, del arzobispo de Toledo Rodrigo Jiménez de Rada, se cuenta entre las esposas de Alfonso VI. Pero la Crónica najerense y el Chronicon mundi indican que Zaida fue concubina y no esposa de Alfonso VI.[6] Tampoco se sabe si el rey y Zaida comenzaron su relación antes o después de la muerte de la reina Constanza. Según Gonzalo Martínez Díez, contrajeron matrimonio después del año 1100, quedando legitimado el hijo de ambos quien se convirtió en príncipe heredero del reino cristiano.[7] De esta relación nacieron tres hijos:
Sancho Alfónsez (1093–1108), su único hijo varón y heredero del trono. Su prematura muerte en la batalla de Uclés aceleró el fin de su padre.
Elvira (1100–1135), contrajo matrimonio en 1117 con Rogelio II de Sicilia, rey de Sicilia.
Sancha Alfónsez (1101–c. 1125), primera esposa de Rodrigo González de Lara, conde de Liébana con quien tuvo a Elvira Rodríguez de Lara, mujer del conde Ermengol VI de Urgel.[8]