Casó con doña Leonor de Mendoza y Londoño; y fué su hijo único: "Juan Arista de Zúñiga, señor de las Cuevas, Azofra, Montalvo y el mayorazgo referido. Casó dos veces: una, con doña Aldonza de Porres, hija de los señores de Agoncillo: ...
... casó segunda vez con doña Leonor Manrique, y fué su hija doña Catalina Manrique de Zuñiga...
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D.a Juana Arista de Zúñiga fué hija de D. Diego Arista de Zúñiga y de D.a Juana de Zúñiga; nieta de D. Juan Arista de Zúñiga y de D.a Catalina de La Peña; segunda nieta de D. Juan Arista de Zúñiga y de D.a Aldonza de Panes (2); tercera nieta de D. Diego Arista de Zúñiga y de Leonor de Mendoza; cuarta nieta de D. Lope Ortiz de Zúñiga y de D.a Isabel de Landaña (3); quinta nieta de D. Iñigo López de Zúñiga y de Doña Sancha de Rojas; sexta nieta de D. Lope Ortiz de Zuñiga y de D.a Juana Cabeza de Vaca; séptima nieta de D. Juan Ortiz de Zúñiga, llamado de Las Cuevas; octava nieta de D. Iñigo Ortiz de Stúñiga y de D.a Teresa de Orozco; novena nieta de D. Diego de Stúñiga, hijo segundo de Don Lope Ortiz de Stúñiga, Señor de Mendavia y Las Cuevas, Alférez Mayor de Nabarra, y de D.a Teresa de Azagra, hija del Señor Soberano de Albarracin.
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