Contrajo matrimonio antes del 17 de febrero de 1035[8] con Jimena Sánchez, hija de Sancho Garcés III de Pamplona. Fruto de este matrimonio nació un único hijo, Alfonso, que falleció a los pocos días de nacer.
Contrajo matrimonio con Muniadona de Castilla hacia 1011, con quien tuvo cinco hijos:
García Sánchez III de Pamplona «el de Nájera», rey de Pamplona (c. 1012 - 1054), casado con Estefanía de Foix.
Fernando Sánchez «el Grande» (c. 1016 – 1065), conde de Castilla (1029–1037) y rey de León (1037–1065), casado con Sancha de León, hermana de Bermudo III.
Jimena Sánchez (1018-1063), que contrajo matrimonio con el rey Bermudo III de León.[20]
Gonzalo Sánchez (c. 1020 - 1045), régulo de Sobrarbe y Ribagorza.