En 1482, el conde se casó con Teresa de Toledo, hija de García Álvarez de Toledo, 1er Duque de Alba, con la que tuvo siete hijos. Se casó por segunda vez con María de Cabrera y Bobadilla, hija de Andrés de Cabrera, primero marqués de Moya, con quien tuvo un hijo más.
Por Teresa de Toledo:
García Fernández Manrique, 3 º conde de Osorno (1483-1546)
Gabriel Manrique
Pedro Manrique
Juan Manrique
Aldonza Manrique
María Manrique
Beatriz Manrique